Núpsvötn eru hluti af flóknu vatnakerfi jökuláa sem flytja vatn og set frá Vatnajökli yfir Skeiðarársand. Vatnakerfið hefur mótað víðáttumikið sandasvæði, haft áhrif á landform og verið lykilþáttur í náttúruferlum svæðisins. Núpsvötn eru einnig órjúfanlegur hluti af stórbrotnu landslagi við Lómagnúp og Núpsstað.