Markarfljót er jökulá á Suðurlandi. Aðalupptök árinnar eru í Mýrdalsjökli en einnig falla í hana þverár úr Eyjafjallajökli og víðar að. Á vatnasvæði árinnar, sem er um 1200 ferkílómetrar, eru allnokkrar megineldstöðvar. Sandarnir sem Markarfljót rennur um til sjávar og sérstaklega ósar þess eru nefndir Markarfljótsaurar (sbr. aurar).[1]

Áin er um 100 kílómetrar á lengd. Efst rennur hún um Laufaleitir milli malar- og leirhjalla en síðan ofan í allhrikalegt og þröngt gljúfur, Fljótsgil. Þar sem það er þrengst heitir Torfahlaup og eru þjóðsögur um að maður hafi stokkið þar yfir. Þar fyrir neðan falla ýmsar þverár í hana, Hvítmaga frá Tindfjallajökli, Kaldaklofskvísl frá Torfajökli og Innri-Emstruá (Nyrðri-Emstruá) frá Mýrdalsjökli. Síðan fellur fljótið bratt ofan í hrikalegt gljúfur, Markarfljótsgljúfur, sem er nærri 200 metra djúpt og er talið hafa orðið til að mestu í gífurlegu hlaupi fyrir um 2000 árum. Neðst fellur Fremri-Emstruá (Syðri-Emstruá) í fljótið í gili en hún kemur úr Mýrdalsjökli.

Þegar kemur á móts við Þórsmörk fellur áin út á eyrar og byrjar að dreifa úr sér, enda er hún þar orðin að stórfljóti. Áður fyrr flæmdist hún mjög víða um á láglendinu, raunar um mestallan hluta Rangárþings sunnanverðs, braut land og eyddi. Raunar er mestallt láglendið þarna orðið til úr framburði Markarfljóts, bæði Landeyjarnar og sléttlendið undir vestanverðum Eyjafjöllum. Eftir lok ísaldar var mikill fjörður þar sem nú eru Landeyjar en hann fylltist smám saman af framburði fljótsins og hlaupum úr jöklunum. Talið er að við landnám hafi meginfarvegir fljótsins verið sjö en síðustu aldirnar voru þeir fjórir, núverandi farvegur, Álar, Affall og Þverá.

Fyrsti varnargarðurinn var byggður við Seljaland um 1910 en flestir núverandi varnargarða voru gerðir á árabilinu 1930-1950 og hefur með þeim tekist að halda fljótinu í skefjum og verja land og mannvirki fyrir ágangi. Óvíst er þó að garðarnir myndu standast stórt jökulhlaup.

Fljótið var mikill farartálmi fyrr á öldum en fyrsta brúin yfir það var byggð árið 1934 nálægt Litla-Dímon, allnokkru ofar en núverandi brú. Einnig er brú á fljótinu á Emstrum.